Mono может запускать «чистые» сборки, сгенерированные C ++ / CLI, т.е. те, которые не содержат любой собственный код. Различные параметры / clr, поддерживаемые компилятором C ++, описаны в MSDN .
В настоящее время нет поддержки компиляции C ++ / CLI. Была некоторая работа по модификации GCC для излучения IL, но она не завершена (и не отображается активной). Смотрите эту статью .
Я не верю, что Microsoft документирует формат для включения нативного кода в сборку, поэтому поддерживать его сложно.