Предупреждение (без ошибок) точно описывает, чего не хватает: На выходном выводе, который вы используете для своей структуры, не задано описание носителя.
Полагаю, вы используете что-то подобное в своем методе Init:
m_oOutputPin.Create("output", cObjectPtr<IMediaType>(new cMediaType(0, 0)), static_cast<IPinEventSink*> (this));
Итак, вы должны расширить создание медиа-типа с помощью своей структуры:
m_oOutputPin.Create("output", cObjectPtr<IMediaType>(new cMediaType(0, 0, 0, "tStruct")), static_cast<IPinEventSink*> (this));
Тогда это будет установлено и также сгенерировано из вашей структуры.
Посмотрите также демонстрационную версию https://support.digitalwerk.net/adtf/v2/adtf_sdk_html_docs/page_demo_media_desc_coder.html и структуру tSimpleStruct_BE, например