Вы можете перебирать массив и строить новые элементы по тому же индексу, что и заданные внутренние массивы.
var data = [[{ Seq: 12345, fq: 1 }, { Seq: 12345, fq: 0 }, { Seq: 12345, fq: 1 }, { Seq: 12345, fq: 0 }], [{ Seq: 12346, fq: 1 }, { Seq: 12346, fq: 1 }, { Seq: 12346, fq: 0 }, { Seq: 12346, fq: 0 }], [{ Seq: 12347, fq: 1 }, { Seq: 12347, fq: 0 }, { Seq: 12347, fq: 1 }, { Seq: 12347, fq: 0 }]],
result = data.reduce((r, a) => {
a.forEach(({ Seq, fq }, i) => {
if (!fq) return;
r[i] = r[i] || { Seq: [], fq: 0 };
r[i].Seq.push(Seq);
r[i].fq++;
});
return r;
}, []);
console.log(result);
.as-console-wrapper { max-height: 100% !important; top: 0; }