Xcode очень плохо играет с файловой системой. При управлении проектом у вас есть два варианта: добавить папки как группу или как ссылки на папки.
Если вы добавите группу, то папка будет зеркально отображена в Xcode, но группа не будет синхронизирована с файловой системой, то есть вы можете перемещать объекты внутри группы, удалять группу, не трогать FS, обратный вызов заставит Xcode потерять файлы.
Второй вариант, добавить ссылку на папку, звучит очень мило, но полностью прослушивается. Ссылки на папки могут обновляться некорректно, изменения не обнаруживаются в папках (если вы добавите ссылку на папку «Изображения» к своим ресурсам и обновите содержимое, ваши ресурсы не будут обновлены при следующей сборке, вам придется очистить и перестроить).
Вот почему вам не следует использовать Xcode (мы используем vim + SCons и очень довольны этим), или вам нужно использовать SCM (SCM может быть связан с другими инструментами, вы ДОЛЖНЫ использовать SCM в любом случае) .
Что касается SCM, я рекомендую Mercurial, но есть также SVN, Git и многие другие, я немного порекомендую вам Google и выскажите свое мнение.