Не будучи экспертом, но столкнувшись с такой же проблемой ...
При проверке файлов dbml XmlMappingSource использует (я думаю ... хотя бы близко; -)
DbmlSchema.xsd, так что, возможно, либо вмешайтесь в существующий, либо сделайте свой собственный
mappingsource
Эта статья может помочь (или не может ... не совсем уверена, что я понял ваш вопрос)