В версии, более старой или равной Java версии 5, вы должны указывать каждый jar-файл отдельно и корень вашего источника в вашем classpath, например,
java -cp a.jar:b.jar:c.jar:./src MainClass
В версии 6 вы можете использовать подстановочные знаки для банок, например.
java -cp ./src:* MainClass
но может быть проще поместить ваши банки в подкаталог, например,
java -cp ./src:./jars/* MainClass
Таким образом, в основном, ваш make-файл или стартовый скрипт должен создать команду, подобную одной из вышеперечисленных.
Подробнее - Sun docs (v6)
Обновление - в ответ на ваше второе редактирование вам необходимо указать полное имя основного класса, поэтому, если класс находится в пакете с именем 'com.mypackage.MainClass', вам необходимо выполнить:
java -cp ./src:./jars/* com.mypackage.MainClass
Я бы также предложил сначала заставить команду работать как отдельную команду, прежде чем запускать весь сценарий. Удаляя движущиеся части, вы сможете быстрее отлаживать и легче видеть, что происходит.