Я не подтвердил его ответ, но Стефан Бурло сказал :
Sqlite использует кеш для запросов. Время от времени закрывайте и снова открывайте базу данных, чтобы освободить кеш-память.
(Я не думаю, что это правда, что каждый экземпляр SQLite кэширует запросы, но это может иметь место на iPhone.)
Очевидно, что вы не беспокоитесь о памяти, но если она кеширует запросы, возможно, вам нужно просто закрыть и открыть заново.
Если это не так, моё следующее предположение будет то, что ваше приложение не указывает на файл, на который вы думаете, оно указывает - вы указали на базу данных с другим именем в один момент и забыли обновить приложение? Вы можете проверить это, обновив базу данных из вашего приложения, а затем проверив эти обновления с помощью CLI. Вы можете просто обнаружить, что они не смотрят на одну и ту же базу данных.