Включите журналы CloudTrail, и вы сможете увидеть, кто удалил таблицы в следующий раз, когда это произойдет. Существует руководство по тому, как это сделать здесь .
Кстати, дважды проверьте, что вы находитесь в нужном регионе, потому что иногда я обнаруживаю, что все мои ресурсы AWS отсутствуют, а затем я замечаю, что нахожусь не в том регионе.