gensim опирается на модули расширения, которые необходимо скомпилировать.И настройки по умолчанию, и канал conda-forge предоставляют готовые версии, которые будут работать «из коробки».
conda install gensim
или
conda install -c conda-forge gensim
, вероятно, самый простой способ заставить работать gensim.