, поскольку на самом деле это не ошибка, а скорее результат статического анализа, вы можете попытаться утихомирить используемый инструмент статического анализа (точно не знаю, какой именно), вы могли бы сделать это при получении менеджера сущностей:
/** @var \Doctrine\ORM\EntityManagerInterface $entityManager */
$entityManager = $this->getDoctrine()->getManager();
если инструмент статического анализа хорош, он примет комментарий / подсказку и распознает менеджера сущностей, и он, вероятно, перестанет жаловаться.
(вопрос, который я задаю)себя: есть ли причина, по которой вы используете простой SQL вместо ... вы знаете ... менеджера сущностей, например ... $user = $entityManager->find(User::class, 3);
... если ваш пользователь по какой-либо причине не является сущностью)