Ну, ClickOnce использует MSBuild для публикации себя. Поэтому я бы рекомендовал использовать MSBuild для автоматизации вашей сборки. См. Ссылку на MSDN .
Первый шаг прост. Вы просто запускаете MSBUild с «Publish»-target из консоли. Настройки, сделанные в Visual Studio, применяются.
Однако, есть некоторые хитрости. Например, когда вы запускаете его из командной строки, номер версии не увеличивается. В моем проекте я решил эту проблему, передав номер версии из скрипта сборки.
Другая сложная часть - это когда вы хотите запустить скрипт сборки на вашем сервере сборки без установленной Visual Studio. Там вам, возможно, придется скопировать часть, чтобы она заработала .