Вы можете использовать удаленную настройку для изменения оболочки для каждого хоста. Для этого откройте удаленное рабочее пространство в VS Code и выполните команду Open Remote settings:
Установите terminal.integrated.shell.linux, чтобы указать на вашу оболочку и сохранить файл:
"terminal.integrated.shell.linux": "/usr/bin/fish"
Удаленные настройки применяются ко всем рабочим областям, которые вы открываете на данном хосте, но должны быть настроены для каждого хоста, к которому вы подключаетесь.