MKL - это "Math Kernel Library" от Intel, которая в основном обрабатывает вычисления.
В новой версии Numpy по умолчанию используется MKL, и, вероятно, именно поэтому эта ошибка появляется.
Попробуйте обновить numpy,
conda update numpy
или отключить MKL с помощью
conda install nomkl
Надеюсь, это помогло!
Ссылка:
https://github.com/BVLC/caffe/issues/3884