Чтобы прервать слияние, вы могли бы сделать
git merge --abort
Но теперь, когда вы отменили свой последний коммит и, если вы уже не перевели это неудачное состояние в удаленное, я бы предложил сбросить его до точки, в которой вы находились до первого плохого тайника:
git reset --hard HEAD^
В этот момент вы можете повторить попытку stash apply
и объединить ее по-другому, или просто не применять тайник, но в любом случае вы вернетесь к исходной точке.