Действие Обновить проект обновляет все репозитории, присутствующие в проекте. Похоже, их больше одного, и один из них терпит неудачу. Проверьте вкладку Консоль окна контроля версий для получения дополнительной информации.
Если у вас включена Операция ветвления "Выполнить" для всех корней , весь процесс проекта обновления завершается неудачно, когда происходит сбой обновления любого из репозиториев, чтобы предотвратить расхождение.