Я пытаюсь запустить на своих данных вложенную смешанную модель ПЕРМАНОВА, которая состоит из: зависимой переменной: Y = матрица численности видов;
Независимые переменные: фиксированный эффект
категориальная переменная - время (фаза, с 3 уровнями: P1, P2 и P3);
Ковариат (Расстояние от воды);
Случайный эффект - повторные измерения (графики - тоже моя единица выборки)
Вложенный фактор (сезон, с 3 уровнями: Se1, Se2 и Se3) и соответствует фазовому периоду.
Проблема в том, что я не знаю ни одного пакета или функции, которые применяют все эти условия одновременно. Я попытался запустить функцию Adonis из пакета Vegan, но не успешно. Есть ли другой пакет, который я мог бы использовать для анализа моих данных, как я описал?
Я пытался сделать следующее:
permanova.mod1<-adonis(data_frog ~ module + dist.water + phase + phase/season, data = data_frog ,permutations = 999,method = "bray", sqrt.dist = FALSE, add = FALSE, by = "terms", strata= data_frog $plot).
И следующее:
perm <- how(nperm = 999, blocks = data_frog $plot , within = Within(type = "series"))
perm
permanova.mod2<-adonis(data_frog ~ module + dist.water + phase + phase/season, data = data_frog ,permutations = perm,method = "bray", sqrt.dist = FALSE, add = FALSE, by = "terms").
И следующее:
perm <- how(nperm = 999, blocks = data_frog $plot , within = Within(type = "series"))
perm
permanova.mod1<-adonis(data_frog ~ module + dist.water + phase, data = data_frog ,permutations = perm,method = "bray", sqrt.dist = FALSE, add = FALSE, by = "terms", strata= data_frog $season).
Но мои результаты совпадают, и я думаю, что способ, которым я включил вложенный фактор, был неправильным в обоих случаях.