У меня есть проект настройки службы Windows в решении, и он игнорируется сборкой MS во время сборки.
Этот вопрос может быть дубликатом.Попробуйте использовать здесь решения Сборка VSTS не генерирует MSI-файл с использованием .vdproj , а здесь Проекты установки VSTS Online Building?