Зависит от ожидаемого использования. Если ожидается, что файл будет иметь широкие возможности использования, включая прямой доступ с обычных клиентских компьютеров, то csv подойдет, потому что его можно напрямую загружать в широко распространенные приложения Excel или LibreOffice calc. Но это просто старый добрый текстовый файл без индексов и дополнительных функций.
С другой стороны, если файл предназначен для использования только учеными-данными или, вообще говоря, осведомленными пользователями, тогда npz будет гораздо лучшим выбором из-за дополнительных функций (сжатие, отложенная загрузка и т. Д.)
Короче говоря, вы обмениваете большую аудиторию на более высокие функции.