Question

Я пытаюсь установить пакеты RJDBC и odbc на моем экземпляре сервера RStudio, который работает на AWS:

> Sys.info()
                             sysname                              release                              version 
                             "Linux"        "4.14.104-78.84.amzn1.x86_64" "#1 SMP Mon Mar 4 19:19:37 UTC 2019" 
                            nodename                              machine                                login 
                     "ip-10-0-0-170"                             "x86_64"                            "unknown" 
                                user                       effective_user 
                           "rstudio"                            "rstudio"

Я получаю одинаковую ошибку при обеих установках. Все остальные пакеты устанавливаются без проблем

Я думал, что это может быть связано с драйверами, поэтому я скачал их по этой ссылке: https://docs.aws.amazon.com/redshift/latest/mgmt/configure-jdbc-connection.html#download-jdbc-driver. Но я все еще получаю ту же ошибку

Сообщение об ошибке напечатано ниже:

Установка пакета в ho /home/rstudio/R/x86_64-redhat-linux-gnu-library/3.4 ’(так как« lib » не указано) также установка зависимости "rJava"

пробуя URL 'https://cran.rstudio.com/src/contrib/rJava_0.9-10.tar.gz' Тип контента 'application / x-gzip' длиной 672577 байт (656 КБ) ================================================== скачано 656 КБ

пробуя URL 'https://cran.rstudio.com/src/contrib/RJDBC_0.2-7.1.tar.gz' Тип содержимого «application / x-gzip», длина 16841 байт (16 КБ) ================================================== скачано 16 КБ

установка source пакета ‘rJava’ ... ** пакет «rJava» успешно распакован, и суммы MD5 проверены на наличие проверки gcc ... gcc -m64 -std = gnu99, проверяет, является ли компилятор C работает ... да проверка имени файла вывода компилятора C по умолчанию ... a.out проверка суффикса исполняемых файлов ... проверка, не перешли ли мы компиляция ... нет проверки суффикса объектных файлов ... проверка используем ли мы компилятор GNU C ... да, проверяя, есть ли gcc -m64 -std = gnu99 принимает -g ... yes для проверки gcc -m64 -std = gnu99 для принятия ISO C89 ... нет необходимости проверять, как запустить C препроцессор ... gcc -m64 -std = gnu99 -E проверка на grep, который обрабатывает длинные строки и -e ... / bin / grep проверяют egrep ... / bin / grep -E проверка на наличие заголовочных файлов ANSI C ... да проверка на sys / wait.h совместимо с POSIX.1 ... да проверка на sys / types.h ... да проверка для sys / stat.h ... да проверка для stdlib.h ... да проверка для string.h ... да проверка на memory.h ... да проверка на strings.h ... да проверка на inttypes.h ... да проверка на stdint.h ... да проверка на unistd.h ... да проверка на string.h ... (кэшируется) да проверка удобства использования sys / time.h ... да проверка наличия sys / time.h ... да проверка на sys / time.h ... да проверка на unistd.h ... (кэшируется) да проверка на соответствие C ANSI C-констант ... да проверка time.h и sys / time.h могут быть оба включены ... yes configure: проверять Поддерживает ли gcc -m64 -std = gnu99 статический встроенный ... да, проверка является ли setjmp.h совместимым с POSIX.1 ... да, проверяя, sigsetjmp объявлен ... да, проверяет, является ли siglongjmp объявлено ... да, проверка поддержки Java в R ... присутствует: interpreter: Архиватор '/ usr / bin / java': компилятор '/ usr / bin / jar': Подготовка заголовка '/ usr / bin / javac' .: флаги cpp '/ usr / bin / javah': '-I / usr / lib / jvm / java / include -I / usr / lib / jvm / java / include / linux' java libs: '-L / usr / lib / jvm / jre / lib / amd64 / server -ljvm' проверяет, Java run-time работает ... да, проверяется, поддерживается ли -Xrs ... да проверка, будет ли использоваться -Xrs ... да, проверка JNI программы могут быть скомпилированы ... да, проверка типов данных JNI ... хорошо, проверка должен ли JRI быть скомпилирован (автоопределение) ... да проверка вывод отладочной информации должен быть включен ... нет проверки наличия памяти профилирование желательно ... не проверять поддержку потоков запрашивается ... нет проверки, требуется ли поддержка обратных вызовов ... нет проверка, запрашивается ли поддержка JNI-кэша ... нет проверки инициализация без головы включена ... нет проверки, запрашивается ли JRI ... да настроить: создание ./config.status config.status: создание src / Makevars config.status: создание R / zzz.R config.status: создание SRC / config.h === настройка в jri (/tmp/RtmpYw2al0/R.INSTALL1d6d38609879/rJava/jri) configure: running / bin / sh ./configure --disable-option-проверяя '--prefix = / usr / local' --cache-файл = / DEV /null --srcdir =.проверка типа системы сборки ... x86_64-unknown-linux-gnu проверка типа системы хоста ... x86_64-unknown-linux-gnu проверка gcc ... gcc -m64 -std = gnu99 проверка работы компилятора C ...да проверка имени выходного файла компилятора C по умолчанию ... a.out проверка суффикса исполняемых файлов ... проверка кросс-компиляции ... нет проверки суффикса объектных файлов ... o проверка использования GNUКомпилятор C ... да, проверяет, принимает ли gcc -m64 -std = gnu99 параметр -g ... да, проверяет наличие опции gcc -m64 -std = gnu99 для принятия ISO C89 ... нет необходимости проверять, как запустить препроцессор C ... gcc -m64 -std = gnu99 -E проверка на grep, который обрабатывает длинные строки, и -e ... / bin / grep проверка на egrep ... / bin / grep -E проверка файлов заголовков ANSI C ... да проверкаВерсия Java ... 1.7.0_201 проверка, действительно ли работает / usr / bin / javah ... да проверка флагов цели ... -target 1.4 - источник 1.4 проверка работы интерпретатора Java ... проверка возможности компиляции программ JNI... дапроверка возможности запуска программ JNI ... да, проверка типов данных JNI ... проверка, экспортирует ли Rinterface.h переменные R_CStackXXX ... да проверка, экспортирует ли Rinterface.h R_SignalHandlers ... да настройка: создание ./config.statusconfig.status: создание src / Makefile config.status: создание Makefile config.status: создание run config.status: создание src / config.h ** libs gcc -m64 -std = gnu99 -I / usr / include / R -DNDEBUG-Я.-I / usr / lib / jvm / java / include -I / usr / lib / jvm / java / include / linux -I / usr / local / include -fpic -O2 -g -pipe -Wall -Wp, -D_FORTIFY_SOURCE =2 -fexceptions -fstack-protector --param = ssp-buffer-size = 4 -m64 -mtune = generic -c Rglue.c -o Rglue.o Rglue.c: 860: 13: предупреждение: 'new_jrectRef' определено, но не определеноused [-Wunused-function] static SEXP new_jrectRef (JNIEnv * env, jobject a, const char * sig, SEXP dim) {^ ~~~~~~~~~~~ gcc -m64 -std = gnu99 -I / usr/ include / R -DNDEBUG -I.-I / usr / lib / jvm / java / include -I / usr / lib / jvm / java / include / linux -I / usr / local / include -fpic -O2 -g -pipe -Wall -Wp, -D_FORTIFY_SOURCE =2 -fexceptions -fstack-protector --param = ssp-buffer-size = 4 -m64 -mtune = generic -c arrayc.c -o arrayc.o gcc -m64 -std = gnu99 -I / usr / include / R -DNDEBUG -I.-I / usr / lib / jvm / java / include -I / usr / lib / jvm / java / include / linux -I / usr / local / include -fpic -O2 -g -pipe -Wall -Wp, -D_FORTIFY_SOURCE =2 -fexceptions -fstack-protector --param = ssp-buffer-size = 4 -m64 -mtune = универсальный -c callJNI.c -o callJNI.o gcc -m64 -std = gnu99 -I / usr / include / R -DNDEBUG -I.-I / usr / lib / jvm / java / include -I / usr / lib / jvm / java / include / linux -I / usr / local / include -fpic -O2 -g -pipe -Wall -Wp, -D_FORTIFY_SOURCE =2 -fexceptions -fstack-protector --param = ssp-buffer-size = 4 -m64 -mtune = generic -c callback.c -o callback.o gcc -m64 -std = gnu99 -I / usr / include / R -DNDEBUG -I.-I / usr / lib / jvm / java / include -I / usr / lib / jvm / java / include / linux -I / usr / local / include -fpic -O2 -g -pipe -Wall -Wp, -D_FORTIFY_SOURCE =2 -fexceptions -fstack-protector --param = ssp-buffer-size = 4 -m64 -mtune = generic -c fields.c -o fields.o gcc -m64 -std = gnu99 -I / usr / include / R -DNDEBUG -I.-I / usr / lib / jvm / java / include -I / usr / lib / jvm / java / include / linux -I / usr / local / include -fpic -O2 -g -pipe -Wall -Wp, -D_FORTIFY_SOURCE =2 -fexceptions -fstack-protector --param = ssp-buffer-size = 4 -m64 -mtune = универсальный -c init.c -o init.o init.c: в функции 'RinitJVM_real': init.c: 274:28: предупреждение: неиспользуемая переменная 'add_xrs' [-Wunused-variable] int len = LENGTH (e), add_xrs = 1, joi = 0;^ ~~~~~~ gcc -m64 -std = gnu99 -I / usr / include / R -DNDEBUG -I.-I / usr / lib / jvm / java / include -I / usr / lib / jvm / java / include / linux -I / usr / local / include -fpic -O2 -g -pipe -Wall -Wp, -D_FORTIFY_SOURCE =2 -fexceptions -fstack-protector --param = ssp-buffer-size = 4 -m64 -mtune = generic -c jri_glue.c -o jri_glue.o gcc -m64 -std = gnu99 -I / usr / include / R -DNDEBUG -I.-I / USR / Библиотека/ jvm / java / include -I / usr / lib / jvm / java / include / linux -I / usr / local / include -fpic -O2 -g -pipe -Wall -Wp, -D_FORTIFY_SOURCE = 2 -fexceptions -fstack- protector --param = ssp-buffer-size = 4 -m64 -mtune = generic -c loader.c -o loader.o gcc -m64 -std = gnu99 -I / usr / include / R -DNDEBUG -I. -I / usr / lib / jvm / java / include -I / usr / lib / jvm / java / include / linux -I / usr / local / include -fpic -O2 -g -pipe -Wall -Wp, -D_FORTIFY_SOURCE = 2 -fexceptions -fstack-protector --param = ssp-buffer-size = 4 -m64 -mtune = generic -c otables.c -o otables.o gcc -m64 -std = gnu99 -I / usr / include / R - DNDEBUG -I. -I / usr / lib / jvm / java / include -I / usr / lib / jvm / java / include / linux -I / usr / local / include -fpic -O2 -g -pipe -Wall -Wp, -D_FORTIFY_SOURCE = 2 -fexceptions -fstack-protector --param = ssp-buffer-size = 4 -m64 -mtune = generic -c rJava.c -o rJava.o gcc -m64 -std = gnu99 -I / usr / include / R - DNDEBUG -I. -I / usr / lib / jvm / java / include -I / usr / lib / jvm / java / include / linux -I / usr / local / include -fpic -O2 -g -pipe -Wall -Wp, -D_FORTIFY_SOURCE = 2 -fexceptions -fstack-protector --param = ssp-buffer-size = 4 -m64 -mtune = generic -c tools.c -o tools.o gcc -m64 -std = gnu99 -shared -L / usr / lib64 / R / lib -L / usr / local / lib64 -o rJava.so Rglue.o arrayc.o callJNI.o callback.o fields.o init.o jri_glue.o loader.o otables.o rJava.o tools.o -L / usr / lib / jvm / jre / lib / amd64 / server -ljvm -L / usr / lib64 / R / lib -lR (cd ../jri && make) make [1]: вход в каталог /tmp/RtmpYw2al0/R.INSTALL1d6d38609879/rJava/jri' make -C src JRI.jar make[2]: Entering directory / tmp / RtmpYw2al0 / R.INSTALL1d6d38609879 / rJava / jri / src '/ usr / bin / javac -целевая 1.4 -источник 1.4 -d. ../package-info.java ../RFactor.java ../REXP.java ../Rengine.java ../RList.java ../Mutex.java ../RConsoleOutputStream.java ../RMainLoopCallbacks.java ../RVector.java ../RBool.java предупреждение: [опции] путь к классу начальной загрузки не устанавливается вместе с -source 1.4 1 предупреждение, если [-n "/ usr / bin / javah"]; тогда / usr / bin / javah -d. -класс org.rosuda.JRI.Rengine; fi gcc -m64 -std = gnu99 -c -o Rengine.o Rengine.c -g -Iinclude -DRIF_HAS_CSTACK -DRIF_HAS_RSIGHAND -O2 -g -pipe -Wall -Wp, -D_FORTIFY_SOURCE = 2 -fexceptions -fstack-protector --param = ssp-buffer-size = 4 -m64 -mtune = универсальный -I / usr / lib / jvm / java / include -I / usr / lib / jvm / java / include / linux -fpic -I / usr / lib / jvm / java / include -I / usr / lib / jvm / java / include / linux -I / usr / include / R -I / usr / include / R gcc -m64 -std = gnu99 -c -o jri.o jri.c -g -Iinclude -DRIF_HAS_CSTACK -DRIF_HAS_RSIGHAND -O2 -g -pipe -Wall -Wp, -D_FORTIFY_SOURCE = 2 -fexceptions -fstack-protector --param = ssp-buffer-size = 4 -m64 -mtune = универсальный -I / usr / lib / jvm / java / include -I / usr / lib / jvm / java / include / linux -fpic -I / usr / lib / jvm / java / include -I / usr / lib / jvm / java / include / linux -I / usr / include / R -I / usr / include / R gcc -m64 -std = gnu99 -c -o Rcallbacks.o Rcallbacks.c -g -Iinclude -DRIF_HAS_CSTACK -DRIF_HAS_RSIGHAND -O2 -g -pipe -Wall -Wp, -D_FORTIFY_SOURCE = 2 -fexceptions -fstack-protector --param = ssp-buffer-size = 4 -m64 -mtune = универсальный -I / usr / lib / jvm / java / include -I / usr / lib / jvm / java / include / linux -fpic -I / usr / lib / jvm / java / include -I / usr / lib / jvm / java / include / linux -I / usr / include / R -I / usr / include / R gcc -m64 -std = gnu99 -c -o Rinit.o Rinit.c -g -Iinclude -DRIF_HAS_CSTACK -DRIF_HAS_RSIGHAND -O2 -g -pipe -Wall -Wp, -D_FORTIFY_SOURCE = 2 -fexceptions -fstack-protector --param = ssp-buffer-size = 4 -m64 -mtune = универсальный -I / usr / lib / jvm / java / include -I / usr / lib / jvm / java / include / linux -fpic -I / usr / include / R -I / usr / include / R gcc -m64 -std = gnu99 -c -o globals.o globals.c -g -Iinclude -DRIF_HAS_CSTACK -DRIF_HAS_RSIGHAND -O2 -g-pipe -Wall -Wp, -D_FORTIFY_SOURCE = 2 -fexceptions -fstack-protector --param = ssp-buffer-size = 4 -m64 -mtune = универсальный -I / usr / lib / jvm / java / include -I / usr / lib / jvm / java / include / linux -fpic -I / usr / lib / jvm / java / include -I / usr / lib / jvm / java / include / linux gcc -m64 -std = gnu99 -c -o rjava .o rjava.c -g -Iinclude -DRIF_HAS_CSTACK -DRIF_HAS_RSIGHAND -O2 -g -pipe -Wall -Wp, -D_FORTIFY_SOURCE = 2 -fexceptions -fstack-protector --param = ssp-buffer-size = 4 -m64 -mtune = универсальный -I / usr / lib / jvm / java / include -I / usr / lib / jvm / java / include / linux -fpic -I / usr / lib / jvm / java / include -I / usr / lib / jvm / java / include / linux rjava.c: в функции 'RJava_request_lock': rjava.c: 22: 3: предупреждение: игнорирование возвращаемого значения 'Write', объявленный с атрибутом warn_unused_result [-Wunused-result] write (ipcout, buf, sizeof (ptrlong));
^ ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ rjava.c: в функции ‘RJava_clear_lock’: rjava.c: 30: 3: предупреждение: игнорирование возвращаемого значения 'Write', объявленный с атрибутом warn_unused_result [-Wunused-result] write (ipcout, buf, sizeof (ptrlong));
^ ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ rjava.c: в функции ‘RJava_request_callback’: rjava.c: 39: 3: предупреждение: игнорирование возвращаемого значения 'write', объявлено с атрибутом warn_unused_result [-Wunused-result] write (ipcout, buf, sizeof (ptrlong) * 3);
^ ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ rjava.c: в функции ‘RJava_init_ctrl’: rjava.c: 51: 3: предупреждение: игнорирование возвращаемого значения 'Write', объявленный с атрибутом warn_unused_result [-Wunused-result] write (ipcout, buf, sizeof (ptrlong));
^ ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ rjava.c: 52: 3: предупреждение: игнорирование возвращаемое значение «read», объявленное с атрибутом warn_unused_result [-Wunused-result] read (смола, buf, sizeof (ptrlong) * 2);
^ ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ gcc -m64 -std = gnu99 -o libjri.so Rengine.o jri.o Rcallbacks.o Rinit.o globals.o rjava.o -shared -L / usr / lib / jvm / jre / lib / amd64 / server -ljvm -Wl, - динамический экспорт -fopenmp -L / usr / local / lib64 -L / usr / lib64 / R / lib -lR -ltre -lpcre -llzma -lbz2 -lz -lrt -ldl -lm -licuuc -licui18n gcc: ошибка: libgomp.spec: такой файл или каталог не существует make [2]: * [libjri.so] Ошибка 1 make [2 ]: Выходящий каталог /tmp/RtmpYw2al0/R.INSTALL1d6d38609879/rJava/jri/src' make[1]: *** [src/JRI.jar] Error 2 make[1]: Leaving directory / tmp / RtmpYw2al0 / R.INSTALL1d6d38609879 / rJava / jri 'make: * [jri] Ошибка 2 ОШИБКА: ошибка компиляции для пакета "rJava"

удаление ho /home/rstudio/R/x86_64-redhat-linux-gnu-library/3.4/rJava ’Предупреждение в install.packages: установка пакета« rJava »была ненулевой статус выхода ОШИБКА: зависимость «rJava» недоступна для пакет "RJDBC"

удаление ho /home/rstudio/R/x86_64-redhat-linux-gnu-library/3.4/RJDBC ’Предупреждение в install.packages: установка пакета« RJDBC »имела ненулевой статус выхода

Загруженные исходные пакеты находятся в «/ TMP / RtmpSo7Mm5 / downloaded_packages»

Ошибка при установке пакетов RJDBC / odbc на RStudio Server AWS

Пожалуйста, войдите или зарегистрируйтесь чтобы ответить на этот вопрос.

Ответы [ 0 ]

Ошибка при установке пакетов RJDBC / odbc на RStudio Server AWS

Пожалуйста, войдите или зарегистрируйтесь чтобы ответить на этот вопрос.

Ответы [ 0 ]

Похожие темы