Одним из решений будет отслеживание метки времени последнего прослушанного сообщения, а затем игнорирование всех сообщений, отправленных до истечения установленного количества времени. Посмотрите этот пример ...
let lastMessageTime;
const sec = 2; // Seconds to wait between messages.
client.on('message', message => {
if (!message.guild || message.author.bot) return;
if (lastMessageTime && message.createdTimestamp - (sec * 1000) < lastMessageTime) return;
else lastMessageTime = message.createdTimestamp;
// Continue with 'message' event.
});