Почему бы вам просто не проверить изменения как изменения? Для этого и нужен svn.
Если вы действительно хотите заменить там версию, вы можете сначала удалить ее, а затем добавить заново. Но оригинальная версия будет доступна, если вы вернетесь в прошлое (опять же, для этого svn). Если вы хотите уничтожить историю, я бы просто воссоздал репо. Это единственный разумный способ перезапустить номер ревизии, особенно для начинающих.
Серьезно, однако, нет ничего плохого в том, чтобы проверять кучу ревизий, когда вы очищаете свой исходный код.