Как получить y дисперсию, объясненную из модели PLS - PullRequest
Новая
       21

Как получить y дисперсию, объясненную из модели PLS

0 голосов
/ 27 марта 2019

Я рассчитал модель PLS с пакетом "PLS", и я хочу построить объяснение Y-дисперсии. Я попытался просмотреть созданную переменную, но я не могу найти ничего, связанного с ней. Однако я могу найти объяснение X-дисперсии и общую X-дисперсию. Когда я использую функцию суммирования в моей модели, я вижу нужные мне числа, но я не могу найти, как извлечь их, чтобы построить их.

Идеальный сценарий был бы, если бы существовал график по умолчанию, содержащий объяснения как X, так и Y, но я не думаю, что это так. 

library(pls)
data <- (data containing y for Y and everything else for X)
plsmodel <- plsr(y~., ncomp=10, data=data, validation="CV", scale=TRUE, segment.type="random", method="simpls")
View(plsmodel)
summary(plsmodel)
Data:   X dimension: 70 19 
    Y dimension: 70 1
Fit method: simpls
Number of components considered: 10

VALIDATION: RMSEP
Cross-validated using 10 random segments.
       (Intercept)  1 comps  2 comps  3 comps  4 comps  5 comps  6 comps  7 comps  8 comps  9 comps  10 comps
CV           315.5    148.4    121.3    110.7    115.2    114.7    116.3    126.2    145.9    143.4     144.1
adjCV        315.5    147.9    120.2    110.4    112.9    112.8    114.1    123.2    141.4    139.2     139.8

TRAINING: % variance explained
   1 comps  2 comps  3 comps  4 comps  5 comps  6 comps  7 comps  8 comps  9 comps  10 comps
X    86.88    91.50    94.95    95.98    98.19    98.79    99.08    99.28    99.52     99.74
y    79.79    87.86    89.78    92.48    93.26    93.87    94.19    94.40    94.53     94.64

Это последняя строка резюме, которое я ищу.

1 Ответ

1 голос
/ 12 апреля 2019

Вы можете посмотреть сводный код следующим образом: 

pls:::summary.mvr

Вы можете получить информацию следующим образом: 

# X Variance
cumsum(explvar(plsmodel))

# Y Variance
drop(R2(plsmodel, estimate = "train", intercept = FALSE)$val)
...