Причиной, по которой требуется потребление времени, является скорость дискового ввода-вывода. Вы можете попробовать использовать автозагрузку, поскольку вам могут потребоваться файлы, которые на самом деле не используются. Другой подход к снижению накладных расходов на дисковый ввод-вывод заключается в объединении ваших файлов PHP в один большой файл. Требование большого файла, содержащего код, который вам всегда нужен, быстрее, чем включение одного и того же кода в несколько небольших файлов.
Кроме того, APC имеет функцию, для ускорения которой требуется apc.include_once_override, которую вы можете попробовать включить.