Нет. Они оба компилируются в один и тот же MSIL. Вы можете создавать, продавать и распространять приложения, написанные в версиях Express. Разница не в том, что производят продукты, а в инструментах, которыми вы располагаете. Профессиональная версия дает вам больше наворотов и облегчает разработку.