.import добавляет строки к существующим данным (если они есть), но не перезаписывает содержимое таблицы.
$ echo "d|e|f" > testimport.txt
sqlite> create table testimport (col1, col2, col3);
sqlite> insert into testimport(col1,col2,col3) values ('a','b','c');
sqlite> select * from testimport;
a|b|c
sqlite> .import testimport.txt testimport
sqlite> select * from testimport;
a|b|c
d|e|f