Проверьте, перетащили ли вы также подпапку .git
: это объясняет, что второе хранилище «создано / отображается» после операции перемещения файла.
Удаление этой дополнительной подпапки .git
во втором каталоге(тот, который создан ходом) должен быть достаточным для разрешения ситуации.