То, что вы видите, это, по сути, второстепенные ярлыки. Причина, по которой я думаю, что они появляются после установки ограничений, заключается в том, что вы как бы увеличиваете изображение в небольшом диапазоне. Простой обходной путь состоит в том, чтобы скрыть метки второстепенных тиков. Для доступа к ним я использую объект оси ax
fig, ax = plt.subplots(figsize=(5, 3)) # <--- Define an axis object
x = np.linspace(0, 1, 101)
y = np.exp(-5*x)
plt.plot(x, y, 'o', c='blue', markersize=4)
plt.yscale('log')
plt.ylim(10**-1,10**0)
plt.setp(ax.get_yminorticklabels(), visible=False) # <--- Hide the minors
plt.yticks([10**-1, 1/np.e, 10**0], [r'$10^{-1}$', r'$1/e$', r'$10^0$']);
