Звучит так, будто вы используете двойное кодирование, но ваше описание не очень понятно. Где-то у вас есть текст, который уже является XML, но вы, вероятно, пытаетесь записать его как текст в элементе XML, который снова выходит за его пределы.
Если бы вы могли изложить точные шаги, которые вы делаете - какие программы задействованы, что они делают, откуда они получают информацию, куда они пишут и как , должно быть достаточно легко разобраться, как это исправить.