Если ваше приложение является приложением ASP.NET, я полагаю, что домен приложения будет перезапущен, но рабочий процесс (w3wp.exe) НЕ будет. Для большинства целей сброса AppDomain достаточно, чтобы очистить состояние, но для некоторых (как правило, для неуправляемых библиотек DLL, загруженных в процессе) этого может быть недостаточно. В этих случаях IISRESET будет работать.