Не знаю, о какой реализации вы говорите, но в целом tSNE работает с матрицей расстояний, и вы должны рассчитать эту матрицу расстояний в соответствии с тем, что на самом деле имеет смысл для ваших данных.
Расстояния
Euclidean
и Jaccard
, как правило, работают хорошо, я получил некоторые хорошие результаты, также используя TSVD
, чтобы уменьшить данные до ~ 50 измерений, а затем выполняя tSNE
на Euclidean
матрице расстояний.