Вы не можете. Жесткие ссылки также существуют в Windows, и в стандартной библиотеке C нет методов для их работы.
Возможные решения более крупной проблемы: создайте ссылку на cygwin1.dll и используйте метод st_ino. Вы исключили st_dev из своего примера кода и должны вернуть его обратно.
Хотя существует реальный способ сделать это в Windows, он использует методы ntdll, и мне пришлось прочитать код Cygwin, чтобы узнать, как это сделать.
Методами являются NtGetFileInformationByHandle и NtFsGetVolumeInformationNyHandle. Есть документированные вызовы kernel32, которые утверждают, что делают то же самое. Обратитесь к исходному коду cygwin, чтобы узнать, почему они не работают должным образом (глючные драйверы fs).