У меня есть 2 папки с узлами
c:\Program Files\nodejs\node_modules\npm\node_modules
Это нормально? Если нет, что я могу сделать, чтобы это исправить?
Да, это совершенно нормально. Для просмотра всего дерева зависимостей модулей глобальных узлов вы можете запустить npm list -g.
npm list -g