Без вашего кода сложно сказать.
Но поведение выглядит скорее как некоторая спецификация CSS, которая не очень хорошо поддерживается в IE.
Прежде всего, как сказала Нино, проверьте ваш код. И HTML, и CSS.
После, если у вас нет ошибок, проверьте QuirksMode , чтобы увидеть, хорошо ли поддерживается используемый вами CSS в IE.