Вы должны прикрепить вид контейнера, в который вы загружаете свои фрагменты, к верхней части нижнего вида навигации.Таким образом, если вы загрузите что-либо в контейнерное представление, оно не перейдет под нижнее навигационное представление.
app:layout_constraintEnd_toEndOf="parent"
эта часть кода внутри макета фрейма должна быть
app:layout_constraintBottom_toTopOf="@+id/bottom_navigation_view"
Просто используйте макет ограничения, который у вас уже есть, удалите нижнее ограничение из макета фрейма и прикрепитеэто к вершине bottomNavigationView!