Networkx: графические метки перепутаны и не скорректированы - PullRequest
Новая
       20

Networkx: графические метки перепутаны и не скорректированы

0 голосов
/ 27 июня 2019

Итак, я сделал свой график, используя библиотеку networkx, которая является одночастным графом.Когда я наклеиваю ярлыки, это кажется неправильным, все смешивается.Есть некоторые слова, которые имеют большую длину, чем другие, и выходят за границы узлов.Можно ли настроить мой график так, чтобы все выглядело ясно и понятно?

А также я хочу, чтобы узел был похож на точку, а надписи появлялись над узлами, а не внутри узлов.

Вот так

pic

График, который я сделал ..

pic

Вот код .. 

import networkx as nx
import matplotlib.pyplot as plt
import numpy as np
from networkx.algorithms import community
from networkx.algorithms import bipartite


G1 = nx.read_edgelist("abcd.txt")
print(nx.info(G1))
c = bipartite.color(G1)
nx.set_node_attributes(G1, c, 'bipartite')
type1  = {n for n, d in G1.nodes(data=True) if d['bipartite']==0}
type2  = {n for n, d in G1.nodes(data=True) if d['bipartite']==1}
G = bipartite.projected_graph(G1, type1)
type2g = bipartite.projected_graph(G1, type2)


pos = nx.spring_layout(G,k=0.30,iterations=50)

nx.is_bipartite(G1)
#average clustering
nx.average_clustering(G1)

#Diameter
print("Diameter:",nx.diameter(G1))

options = {
    'node_color': 'purple',
    'node_size': 40,
    'line_color': 'yellow',
    'linewidths': 0,
    'width': 0.3,
}

#degeree plotting
def plot_degree_distribution(wiki):
    degs = {}
    for n in wiki.nodes():
        deg = wiki.degree(n)

        if deg not in degs:
            degs[deg] = 0

        degs[deg] += 1
    items = sorted(degs.items())

    fig = plt.figure()
    ax = fig.add_subplot(111)
    ax.plot([k for (k, v) in items], [v for (k, v) in items])
    ax.set_xscale('log')
    ax.set_yscale('log')
    plt.title("Degree Distribution")
    fig.savefig("degree_distribution.png")


# plot_degree_distribution(G)
d = []  # create a set
for n in G.nodes():
    d.append(G.degree(n))

ec = []  # create a set
for e in G.edges():
    if (G.degree(e[0]) > G.degree(e[1])):
        ec.append(G.degree(e[0]))
    else:
        ec.append(G.degree(e[1]))

pos = nx.spring_layout(G,k=1.5, iterations=200)

factor = 25  # to change the size of nodes with respect to their degree


nx.draw_networkx(G, pos,
        edge_color=ec, edge_cmap=plt.cm.plasma,  # edge color
        node_color=d, cmap=plt.cm.plasma,  # node color
        node_size=[x * factor for x in d])  # node sizse
plt.savefig ("simple_graph.png")
fig = plt.gcf()
fig.set_size_inches((10,10))
plt.show()

1 Ответ

0 голосов
/ 27 июня 2019

Изменение раскладки пружины на круглую раскладку поможет вам лучше визуализировать этикетку.

cgraph=nx.gnp_random_graph(15,p=0.5)
labels={}
for k in range(15):
    labels[k]='long named node '+str(k)

circPos=nx.circular_layout(cgraph)
nx.draw_networkx_labels(cgraph,pos=circPos,labels=labels) 
nx.draw(cgraph,pos=circPos)

enter image description here

Также, если метку края трудно визуализировать, вы можете изменить положение меток, изменив положение макета следующим образом.

pos_attrs = {}
for node, coords in circPos.items():
    pos_attrs[node] = (coords[0]+0.1*(-1)*np.sign(coords[0]), coords[1]+0.1*(-1)*np.sign(coords[1]))
nx.draw_networkx_labels(cgraph,pos=circPos,labels=labels) 
nx.draw(cgraph,pos=pos_attrs)

enter image description here

Здесь представлен еще один отличный способ работы с метками круговых компоновок: Относительная позиция меток узлов NetworkX

Надеюсь, это поможет

...