Включаемый файл PHP не является проблемой.Нет причины, по которой вы не можете использовать модал Bootstrap в файле включения PHP.Включаемый файл внедряется в HTML-код перед отображением DOM, , поэтому проблем быть не должно.
ОДНАКО ... Возможно, проблема в том, что модальная диалоговая структура Bootstrapдобавлено в HTML внутри другого div -
<div class="tab-pane fade" id="Agenda">
<?php include("agenda.php"); ?>
</div>
Модальный Bootstrap должен находиться на первом уровне под тегом body.Вот где Bootstrap ожидает этого.Это не должно быть проблемой, так как модальный Bootstrap невидим до отображения ... Не поддавайтесь искушению добавить дополнительные слои внешних контейнеров HTML в div Bootstrap, пока вы не будете действительно уверены , что вы понимаете скаффолдинг Bootstrap.
Кроме того, наличие тега fade на том же элементе #Agenda
(тот, в котором находится модальное диалоговое окно) может быть плохой идеей. Обратите внимание, что вам не нужен модал внутри #Agenda div, чтобы использовать его для функций повестки дня (календаря?).
Я предлагаю, чтобы, пока вы не решили свою проблему, избавилисьиз всех включаемых файлов.Возьмите код в ваших включаемых PHP-файлах и вставьте его в основной текст, чтобы у вас был только один файл index.php без включений.Как только вы это заработаете, вы можете разбить все на включаемые файлы. Упростить, чтобы решить.