Вы можете либо отладить приложение, запустив его с помощью GDB
%> gdb <your_executable>
или, как правило, проще запустить приложение, а затем подключить отладчик к процессу, используя PID.
%> gdb -p <pid>
Для параметров командной строки просто введите gdb -h
и во время работы внутри GDB
Справку всегда можно получить, набрав «help» в командной строке GDB.
Вот краткий шпаргалка и учебный сайт по некоторым распространенным командам.
Как уже упоминал Аркайц, обязательно скомпилируйте свой код так, чтобы он содержал необходимую отладочную информацию, включенную в исполняемый файл.
Если отладка из командной строки немного устрашает, есть несколько доступных пользовательских интерфейсов, использующих GDB. Я много отлаживаю в Eclipse с использованием gdb.
Как только вы начнете идти по пути GDB, я уверен, что у вас будет больше вопросов, и я призываю вас задать эти более конкретные вопросы по SO.
Удачи.