Это зависит главным образом от вашего сервера баз данных. MySQL чувствителен к регистру, PostgreSQL чувствителен к регистру.
Но вы можете написать запрос вот так
$this->createQueryBuilder('user')
->where('LOWER(user.username) = :username')
->setParameter('username', strtolower($username))
->getQuery()
->getResult()
;