Файл манифеста описывает, как должно работать ваше приложение. От MSDN :
Каждая сборка, статическая или динамическая, содержит набор данных, который описывает, как элементы в сборке связаны друг с другом. Манифест сборки содержит эти метаданные сборки. Манифест сборки содержит все метаданные, необходимые для указания требований к версии сборки и идентификатора безопасности, а также все метаданные, необходимые для определения области сборки и разрешения ссылок на ресурсы и классы. Манифест сборки может храниться либо в PE-файле (.exe или .dll) с кодом промежуточного языка Microsoft (MSIL), либо в отдельном PE-файле, который содержит только информацию о манифесте сборки.
Поэтому удаление их, вероятно, является неправильным, особенно если вы хотите, чтобы ваше приложение по умолчанию работало с повышенными правами в Vista и более поздних версиях.
Здесь - подробные сведения из MSDN об использовании инструмента mt, который используется для встраивания манифеста в ваше приложение.
Также обратите внимание действительно интересная проблема , касающаяся кэширования манифеста в Vista и более поздних версиях, которая выглядит как настоящая ошибка.