Вы используете str [n] cpy? Ты не можешь! Данные в кодировке Base64 могут содержать нулевые символы, которые функции обработки строки C интерпретируют как конец строки.
Используйте memcpy вместо str [n] cpy, memcmp вместо strcmp и т. Д. Эти функции требуют, чтобы вы знали размер ваших данных, но я считаю, что вы действительно знаете это.
Также, если вы не очень уверены в строках в стиле C и тому подобном, здесь можно найти много информации по этой теме.