Получение предупреждений, сгенерированных в сеансе knitr

Question

У меня длинный сценарий R Markdown, который генерирует более пятидесяти ошибок knitr.Он создает файл .pptx, который требует ремонта (хотя я не вижу, что нужно для ремонта).Иногда PowerPoint переименовывает файл на основе первого титульного слайда.Сеанс вязания выдает предупреждающее сообщение, которое приглашает меня, поэтому проверьте их, введя warnings().Поскольку сеанс knitr находится в невидимой для меня среде, ввод warnings() не помогает.

Вывод создан: demo.pptx Было 50 или более предупреждений (используйте warnings (), чтобы увидетьпервые 50)

Я не могу привести краткий, воспроизводимый пример, который выдает предупреждения knitr, но я могу сказать, что они исходят из каретки и gbm, которые выплевывают лотов форматированного вывода(черные) и неформатированные сообщения (красные) и даже нежелательные сюжеты, несмотря на стандартную настройку verbose = FALSE.

Вот заголовок моего файла .rmd:

---
title: "Demo of knitr warnings when making Powerpoint"
author: "author name"
output:
  powerpoint_presentation:
    slide_level: 2
---
```{r global_options, include=FALSE}
knitr::opts_chunk$set(fig.width=10, echo=FALSE, warning=FALSE, message=FALSE, cache=FALSE)
```

```{r setup}   
suppressPackageStartupMessages(library(knitr))
suppressPackageStartupMessages(library(rmarkdown))
```

Как можноЯ обнаружил среду, в которой выполнялся knitr, чтобы я мог получить доступ к предупреждениям?Когда я попытался воспроизвести предупреждения, я заметил, что предупреждения, сгенерированные моим кодом, очевидно, не добавляются в список last.warnings .

Answer 1

Запустите knitr, используя rmarkdown::render("yourfile.Rmd"), и он запустится в текущем сеансе.Тогда warnings () сработает.

Например, я не вижу предупреждений из вашего кода, но когда я добавил

for ( i in 1:100)
  warning(i)

к коду кода, я получил сообщение вродеваша.Так что я использовал вышеупомянутую идею и увидел

> rmarkdown::render("~/temp/Untitled.Rmd")


processing file: Untitled.Rmd
  |................                                                 |  25%
  ordinary text without R code

  |................................                                 |  50%
label: global_options (with options) 
List of 1
 $ include: logi FALSE

  |.................................................                |  75%
  ordinary text without R code

  |.................................................................| 100%
label: setup

output file: Untitled.knit.md

'/Applications/RStudio 2.app/Contents/MacOS/pandoc/pandoc' +RTS -K512m -RTS Untitled.utf8.md --to pptx --from markdown+autolink_bare_uris+ascii_identifiers+tex_math_single_backslash+smart --output Untitled.pptx --slide-level 2 

Output created: Untitled.pptx
There were 50 or more warnings (use warnings() to see the first 50)
> warnings()
Warning messages:
1: In eval(expr, envir, enclos) : 1
2: In eval(expr, envir, enclos) : 2
3: In eval(expr, envir, enclos) : 3
4: In eval(expr, envir, enclos) : 4
5: In eval(expr, envir, enclos) : 5
6: In eval(expr, envir, enclos) : 6
7: In eval(expr, envir, enclos) : 7
8: In eval(expr, envir, enclos) : 8
9: In eval(expr, envir, enclos) : 9
10: In eval(expr, envir, enclos) : 10
11: In eval(expr, envir, enclos) : 11
12: In eval(expr, envir, enclos) : 12
13: In eval(expr, envir, enclos) : 13
14: In eval(expr, envir, enclos) : 14
15: In eval(expr, envir, enclos) : 15
16: In eval(expr, envir, enclos) : 16
17: In eval(expr, envir, enclos) : 17
18: In eval(expr, envir, enclos) : 18
19: In eval(expr, envir, enclos) : 19
20: In eval(expr, envir, enclos) : 20
21: In eval(expr, envir, enclos) : 21
22: In eval(expr, envir, enclos) : 22
23: In eval(expr, envir, enclos) : 23
24: In eval(expr, envir, enclos) : 24
25: In eval(expr, envir, enclos) : 25
26: In eval(expr, envir, enclos) : 26
27: In eval(expr, envir, enclos) : 27
28: In eval(expr, envir, enclos) : 28
29: In eval(expr, envir, enclos) : 29
30: In eval(expr, envir, enclos) : 30
31: In eval(expr, envir, enclos) : 31
32: In eval(expr, envir, enclos) : 32
33: In eval(expr, envir, enclos) : 33
34: In eval(expr, envir, enclos) : 34
35: In eval(expr, envir, enclos) : 35
36: In eval(expr, envir, enclos) : 36
37: In eval(expr, envir, enclos) : 37
38: In eval(expr, envir, enclos) : 38
39: In eval(expr, envir, enclos) : 39
40: In eval(expr, envir, enclos) : 40
41: In eval(expr, envir, enclos) : 41
42: In eval(expr, envir, enclos) : 42
43: In eval(expr, envir, enclos) : 43
44: In eval(expr, envir, enclos) : 44
45: In eval(expr, envir, enclos) : 45
46: In eval(expr, envir, enclos) : 46
47: In eval(expr, envir, enclos) : 47
48: In eval(expr, envir, enclos) : 48
49: In eval(expr, envir, enclos) : 49
50: In eval(expr, envir, enclos) : 50

Answer 2

Да! @ user2554330 был прав. rmarkdown::render("yourfile.Rmd") отлично работает в вашей глобальной среде.

Если вы используете RStudio, следует помнить о нескольких вещах:

• Источник - это то, что сохраняется на диск, поэтому не забудьте сохранить.
• Вы можете проверить окружающую среду с помощью knit.global(). Вне зависимости от того, набираете ли вы команду или используете кнопку вязания - которая, очевидно, порождает новый сеанс R - результат будет одинаковым. Вы можете добраться до первого, но не до второго.

  среда: R_GlobalEnv

• Вы не увидите объекты в вашем местном окружении, пока выполнение завершено.
• И PowerPoint не запускается автоматически.

Да, все ужасные предупреждения (в моем случае от gbm) есть.