Вы правы, что Python SDK имеет некоторые оптимизации Cython.
Чтобы они были доступны при установке Beam, убедитесь, что Cython установлен в вашей среде.Если у вас установлен Cython, Beam продолжит работу и по возможности скомпилирует свои модули.
Короче говоря, перед запуском pip install apache-beam вы должны сначала запустить pip install Cython.
Чтобы добавить больше деталей, посмотрите Beam's setup.py.Когда Beam установлен, он проверит установку Cython и, если найдет, попытается Cythonize своих модулей.