R: аккуратный формат данных в удобочитаемый формат

Question

У меня есть данные о видах в аккуратном формате.Для включения в отчет мне нужно уменьшить ширину таблицы, перечислив высшие порядки (королевство, тип, класс и т. Д.) Только один раз для каждой группы.

В настоящее время у меня есть:

... и нужно получить что-то вроде:

... или что-то вроде:

... где каждый более высокий порядок дается только один раз, причем каждый вид в этом более высоком порядке указан ниже.

ЭтоСписок длинный, поэтому должен быть основан на скрипте.Я рассмотрел использование dplyr, но не вижу способа достичь этого.

Ниже приведены воспроизводимые примеры данных, если это необходимо.

exampledata <- structure(list(KINGDOM = c("Animalia", "Animalia", "Animalia", 
                                   "Animalia", "Animalia", "Animalia", "Animalia", "Animalia", "Animalia", 
                                   "Animalia", "Animalia", "Animalia"), PHYLYM = c("Chordata", "Chordata", 
                                                                                   "Chordata", "Chordata", "Chordata", "Chordata", "Chordata", "Chordata", 
                                                                                   "Chordata", "Chordata", "Chordata", "Chordata"), CLASS = c("Amphibia", 
                                                                                                                                              "Amphibia", "Amphibia", "Amphibia", "Amphibia", "Aves", "Aves", 
                                                                                                                                              "Aves", "Aves", "Aves", "Aves", "Aves"), ORDER = c("Anura", "Anura", 
                                                                                                                                                                                                 "Anura", "Anura", "Anura", "Accipitriformes", "Ciconiiformes", 
                                                                                                                                                                                                 "Gruiformes", "Passeriformes", "Passeriformes", "Pelecaniformes", 
                                                                                                                                                                                                 "Pelecaniformes"), FAMILY = c("Ranidae", "Ranidae", "Rhacophoridae", 
                                                                                                                                                                                                                               "Rhacophoridae", "Rhacophoridae", "Accipitridae", "Ciconiidae", 
                                                                                                                                                                                                                               "Gruidae", "Muscicapidae", "Muscicapidae", "Threskiornithidae", 
                                                                                                                                                                                                                               "Threskiornithidae"), SCIENTIFICNAME = c("Hylarana attigua", 
                                                                                                                                                                                                                                                                        "Hylarana taipehensis", "Philautus", "Polypedates leucomystax", 
                                                                                                                                                                                                                                                                        "Theloderma asperum", "Aviceda jerdoni", "Leptoptilos javanicus", 
                                                                                                                                                                                                                                                                        "Antigone antigone", "Cyanoptila cyanomelana", "Cyornis hainanus", 
                                                                                                                                                                                                                                                                        "Pseudibis davisoni", "Thaumatibis gigantea"), OTHERDATA = c("XYZ", 
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     "ABC", "XYZ", "ABC", "XYZ", "XYZ", "ABC", "XYZ", "ABC", "ABC", 
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     "XYZ", "XYZ")), row.names = c(NA, 12L), class = "data.frame")

Answer 1

Удаление данных, как правило, плохая идея, однако я вижу вариант использования.

Если у вас уже есть данные в правильном порядке, вы можете сделать что-то вроде этого:

iris %>% 
  mutate(Species = if_else(duplicated(Species),"", as.character(Species)))

Обратите внимание, что as.character() требуется только, поскольку Species является фактором в этомнабор данных.

---

Редактировать, например, данные:

exampledata %>% 
  mutate_at(vars("KINGDOM", "PHYLYM", "CLASS","ORDER", "FAMILY", "SCIENTIFICNAME"), ~ if_else(duplicated(.x),"", as.character(.x)) )

дает следующую таблицу:

    KINGDOM   PHYLYM    CLASS           ORDER            FAMILY          SCIENTIFICNAME OTHERDATA
1  Animalia Chordata Amphibia           Anura           Ranidae        Hylarana attigua       XYZ
2                                                                  Hylarana taipehensis       ABC
3                                                 Rhacophoridae               Philautus       XYZ
4                                                               Polypedates leucomystax       ABC
5                                                                    Theloderma asperum       XYZ
6                        Aves Accipitriformes      Accipitridae         Aviceda jerdoni       XYZ
7                               Ciconiiformes        Ciconiidae   Leptoptilos javanicus       ABC
8                                  Gruiformes           Gruidae       Antigone antigone       XYZ
9                               Passeriformes      Muscicapidae  Cyanoptila cyanomelana       ABC
10                                                                     Cyornis hainanus       ABC
11                             Pelecaniformes Threskiornithidae      Pseudibis davisoni       XYZ
12                                                                 Thaumatibis gigantea       XYZ

Answer 2

Вместо пустых ячеек, если вы хотите уменьшить данные, я бы предложил group_by более высокие порядки и сохранил бы другие детали в виде строки через запятую.

library(dplyr)

exampledata %>%
   group_by(KINGDOM, PHYLYM, CLASS, ORDER, FAMILY) %>%
   summarise_at(vars(SCIENTIFICNAME, OTHERDATA), toString)


#   KINGDOM  PHYLYM   CLASS    ORDER         FAMILY         SCIENTIFICNAME                                 OTHERDATA   
#  <chr>    <chr>    <chr>    <chr>         <chr>          <chr>                                          <chr>       
#1 Animalia Chordata Amphibia Anura         Ranidae        Hylarana attigua, Hylarana taipehensis         XYZ, ABC    
#2 Animalia Chordata Amphibia Anura         Rhacophoridae  Philautus, Polypedates leucomystax, Theloderm… XYZ, ABC, X…
#3 Animalia Chordata Aves     Accipitrifor… Accipitridae   Aviceda jerdoni                                XYZ         
#4 Animalia Chordata Aves     Ciconiiformes Ciconiidae     Leptoptilos javanicus                          ABC         
#5 Animalia Chordata Aves     Gruiformes    Gruidae        Antigone antigone                              XYZ         
#6 Animalia Chordata Aves     Passeriformes Muscicapidae   Cyanoptila cyanomelana, Cyornis hainanus       ABC, ABC    
#7 Animalia Chordata Aves     Pelecaniform… Threskiornith… Pseudibis davisoni, Thaumatibis gigantea       XYZ, XYZ

При использовании этого метода вы непотерять любую информацию, а также уменьшить количество строк в кадре данных.Вы можете добавлять / удалять столбцы из group_by и summarise_at в зависимости от ваших предпочтений.

Answer 3

Хотя первоначальный вопрос был о том, как сделать это в R, я понял, что быстрее и проще использовать сводные таблицы в Excel, добавляя каждую более высокую классификацию к строкам, от самой высокой до самой низкой, а затем используя VLOOKUP, чтобы добавить необходимые данные для добавления. .