Создайте проект для каждого исполняемого файла, который имеет функцию main (), и создайте дополнительный проект для представления программного обеспечения в целом (своего рода «контейнерный» проект). Eclipse позволяет вам указывать проекты в качестве зависимостей от других проектов, и в этом случае вы захотите настроить контейнерный проект для перечисления других проектов как «ссылочные проекты».
Для этого создайте контейнерный проект, затем щелкните правой кнопкой мыши проект в левом столбце (проводник проекта) и выберите «Свойства». Появится диалоговое окно. Выберите элемент «Ссылки на проекты» в списке слева, и вы увидите список всех проектов, с которыми Eclipse в настоящее время работает. Установите флажки рядом с проектами для ваших отдельных исполняемых файлов, затем нажмите OK. Теперь, когда вы выполняете сборку проекта контейнера, Eclipse должен автоматически выполнить сборку и для этих зависимых проектов.
При использовании подпроектов таким образом, я (лично) счел полезным создать рабочий набор, который включает в себя контейнерный проект и все подпроекты (это может упростить поиск по всему программному проекту).