Как использовать функцию image () для отображения данных в R

Question

У меня есть набор клинических данных, и я хотел бы построить его с помощью функции image(), чтобы посмотреть, смогу ли я определить различные группы в моих данных.

Структура этих данных List of 2: 56 образцов и 5000 генных выражений.

Когда я использую image(lung), все, что я вижу, это просто участок оранжевого цвета, и я не вижу рисунка или какой-либо группы, выделяющейся мне.

В основном, в наборе данных есть четыре типа клинических состояний: рак толстой кишки (13 образцов), мелкоклеточный (6 образцов) и т. Д.

Я хотел бы видеть, например, что `` smallcell '' с 6 выборками имеет свой собственный шаблон по сравнению с остальными группами / условиями в этом наборе данных.

load(url("https://github.com/hughng92/dataset/raw/master/lung.RData"))
rownames(lung)
image(lung)

Это все, что я вижу:

Мне интересно, смогу ли я объединить четыре различных графика этих 4 условий из набора данных, это будет выглядеть по-другому.

Любой совет был бы отличным!

Answer 1

Я бы посоветовал посмотреть на вывод изображения после перегруппировки подобных типов вместе.Я думаю, что теперь я вижу некоторые групповые различия в этих профилях экспрессии генов.В частности, в категории «Нормальный» обычно меньше красных полос, хотя есть пара, где «нормальный» - красный, а остальные - нет.Я думаю, что это интересно, и не особенно удивительно, что, по-видимому, в пределах столбцов Normal (на изображении) изменчивость меньше, чем в каждом типе опухоли.У меня есть друг, молекулярный биолог, который характеризует опухоли как "генетические крушения поезда":

table( rownames( lung[order(rownames(lung)), ]))

Carcinoid     Colon    Normal SmallCell 
       20        13        17         6 

------------------

 image( lung[order(rownames(lung)), ])

Это позволит лучше определить границы группировки типов:

image( lung[order(rownames(lung)), ], xaxt="n")
axis(1, at=(cumsum( table( rownames( lung[order(rownames(lung)), ])))-1)/56 ,
        labels=names(table( rownames( lung[order(rownames(lung)), ]))),las=2)