Я думаю, вам нужно настроить триггеры на заданное время. Есть такие настройки. Пример ниже с сайта CC.NET.
<scheduleTrigger time="23:30" buildCondition="ForceBuild" name="Scheduled">
<weekDays>
<weekDay>Monday</weekDay>
</weekDays>
</scheduleTrigger>
Вы можете делать сборку, когда хотите, если вы не хотите делать все сразу, вы можете создавать проекты с этим триггером, ориентированным на меньшие аспекты вашего кода. Именно так вы заставляете CC.NET запускать сборку в определенный момент времени.
Больше информации о расписании триггеров на сайте слияния