Вы можете использовать параметры mongodump и mongorestore.
mongodump --host xxxx --port 27017 --db имя_базы --gzip --out / data /
mongorestore --host xxxx--port 27017 --db dbname --gzip / data /
Возьмите дамп mongoDB со своего компьютера и восстановите его в атласе.