Как минимум эти две возможности для рассмотрения:
1) Клонируйте свой репо. Работайте с одним репо, позвольте другому запустить вашу программу. Кажется, это самый простой способ перейти от того, что вы описываете.
2) Может быть, посмотрите на git worktree
Позволяет одновременно проверять несколько веток в отдельных каталогах.
Ваша программа может работать в версии из ветви A, в то время как вы работаете в ветви B, проверенной на вашем втором рабочем дереве.