По-прежнему строите нижнюю границу ДИ при отсутствии верхнего предела - PullRequest
0 голосов
/ 27 марта 2019

В настоящее время у меня есть некоторые данные с оценками и нижними и верхними границами, которые я хотел бы представить в виде КИ.Однако некоторые из моих оценок не имеют верхней границы.Когда я пытаюсь построить CI, он удаляет весь CI вместо только верхнего предела.Я все еще хотел бы построить нижний предел.Существуют ли способы построения нижнего предела, даже если верхний предел отсутствует.ggplot2 или базовый plot ответы в порядке.

Вот ошибка

Предупреждающее сообщение: удалены 1 строка, содержащая пропущенные значения (geom_errorbar).

Данные

    structure(list(trials2 = c("A", "B"), surv = c(9.4, 18.4), drug_site2 = c("Site X", 
"Site X"), lower = c(5.7, 17.3), upper = c(13.8, NA)), row.names = c(NA, 
-2L), class = "data.frame")

сюжет

ggplot(data = survs2)+
  geom_point(aes(x=drug_site2,y=surv,color=trials2),size=3)+
  geom_errorbar(aes(x = drug_site2,ymin = lower, ymax = upper,color=trials2))+
  coord_flip()+
  scale_y_continuous("Median Survival (Months)", limits = c(0,60))+
  scale_x_discrete("")

enter image description here

Обновление: вот что сообщалось в документе о результатах

Из текста:

Медиана выживаемости составляла 18,4 (95% ДИ, 17,3, NR) и 13,6 (95% ДИ, 11,3–15,8) месяцев в группах с наркотиками и плацебо, соответственно.

Изображение с бумаги: enter image description here

1 Ответ

0 голосов
/ 29 марта 2019

Я нашел решение моей проблемы.После обсуждения выше я все еще думаю, что показ нижнего предела и отсутствие верхнего предела является важным.«Не сообщается» - это не то же самое, что «верхний предел не достигнут», и я думаю, что это действительно отсутствующее значение / просто не сообщается (по какой-либо причине).

Обходной путь должен использовать geom_linerange дважды, чтобы один раз простираться от нижней к оценке и затем от оценки до верхней границы.Нижняя граница есть, просто очень маленькая.

ggplot(data = survs2)+
  geom_point(aes(x=drug_site2,y=surv,color=trials2),size=3)+
  geom_linerange(aes(x = drug_site2, ymin = lower, ymax = surv, color = trials2))+
  geom_linerange(aes(x = drug_site2, ymax = upper, ymin = surv, color = trials2))+
  coord_flip()+
  scale_y_continuous("Median Survival (Months)", limits = c(0,60))+
  scale_x_discrete("")

enter image description here

Добро пожаловать на сайт PullRequest, где вы можете задавать вопросы и получать ответы от других членов сообщества.
...