Если вы используете что-то вроде apache httpd, вы можете использовать файлы .htaccess и иметь каталоги, которые предоставляются пользователям или группам, если вы хотите, чтобы пользователь продолжал получать доступ к файлам по пути в файловой системе.
Если вы заблокировали каталог и у вас есть скрипт для управления доставкой файлов, вы можете проверить разрешения в скрипте и дать пользователю запрашиваемый файл или 403.
Я склонен использовать сценарий, так как он дает мне больше контроля над управлением разрешениями и более сложными сценариями доступа.